Percorrendo la navata centrale sino ai gradini che conducono all’area del presbiterio si incontra l’opera più caratteristica della chiesa. Si tratta di una vera da pozzo (o puteale), alta circa 80 cm, realizzata riutilizzando un rocchio di colonna romana del quale si è conservata la base. Lungo la superficie sono scolpite a bassorilievo quattro figure, inquadrate in edicole con archi a tutto sesto appoggiati a colonnine tortili di diversa fattura, ma tutte coronate da un capitello corinzio. In tempi recenti al puteale è stato restituito il suo orientamento originario, con la figura del Cristo posta verso la navata centrale. L’opera risale con buona probabilità alla fondazione ottoniana della basilica. Sul piano dello stile va osservato che le immagini della margella presentano significativi punti di contatto con opere nate nell’ambito della committenza imperiale ottoniana. Non si tratterebbe dunque dell’opera di maestranze locali e questo permette di giustificare il fatto che quest’opera non abbia paralleli in area romana. Nella figura di Imperatore che sorregge un medaglione dove è visibile il profilo dell’antica basilica, si è generalmente voluto vedere Ottone III. Nelle altre edicole si trovano le figure di San Bartolomeo, con il libro e il coltello, strumento con il quale subì il martirio, del Redentore, con il libro aperto e in atto di benedire, e di un Santo in paramenti vescovili, probabilmente Sant’Adalberto (i sostenitori di una datazione al XII secolo dell’opera preferiscono identificare l’immagine con San Paolino da Nola). La scritta “OS / PUTEI / S[AN]C[T]I / CIR/CU[N] DANT / ORBE / ROTAN/TI” è inserita irregolarmente negli spazi lasciati liberi dalle figure. Lungo i margini superiori della margella sono ancora visibili i segni delle corde che servivano per attingere l’acqua dal pozzo e che, consumando il marmo, hanno reso del tutto illeggibili le scritte sottostanti che alludevano alle proprietà salutari e guaritive di quell’acqua. Il pozzo, profondo circa 10 metri, oggi ostruito da materiali di deposito, era dunque in uso durante i primi secoli di vita della basilica. Con ogni probabilità attingeva a una sorgente d’acqua già sfruttata nel preesistente tempio di Esculapio, alla quale erano attribuiti particolari poteri taumaturgici.