Nel 1993, Giovanni Paolo II ha affidato la Basilica alla Comunità di Sant’Egidio. Da quella data la Basilica ha riscoperto la propria vocazione ecumenica, rinnovando i legami che la univano alle chiese d’Oriente, dove la devozione per l’apostolo Bartolomeo è molto viva. La Basilica ha accolto la visita ufficiale del Patriarca ecumenico di Costantinopoli Bartolomeo I, quella del Patriarca ortodosso di Romania Teoctist, a cui sono seguite altre visite di esponenti ortodossi, fra cui molti Primati, ed evangelici, che hanno partecipato alla preghiera della Comunità di Sant’Egidio.
In ragione della collocazione della Basilica in prossimità della sinagoga maggiore di Roma non sono mancati momenti di dialogo e di incontro tra la Comunità di Sant’Egidio e la Comunità ebraica, a partire dalla memoria annuale del 16 ottobre 1943, giorno della deportazione degli ebrei romani. La Basilica di San Bartolomeo all’Isola ebbe peraltro un ruolo nell’ospitalità durante l’occupazione tedesca di Roma: circa 400 ebrei, nascosti per evitare la deportazione nei campi di sterminio, vi trovarono riparo.
La Comunità di Sant’Egidio celebra a San Bartolomeo la liturgia eucaristica della domenica e, fin dal 1993, una preghiera serale animata da alcuni gruppi di giovani della Comunità. San Bartolomeo all’Isola Tiberina è così una delle poche chiese romane ad essere aperta ogni sera per la preghiera.
Dal 2002, per volontà di Giovanni Paolo II, la Basilica di San Bartolomeo all’Isola è divenuta il luogo memoriale dei testimoni della fede del XX secolo, affidata alla cura della Comunità di Sant’Egidio.