Papa Giovanni Paolo II nel 2000, in occasione del Grande Giubileo, pensò di inserire nella sua celebrazione la memoria dei Nuovi Martiri. Il 7 maggio di quell’anno, durante la commemorazione al Colosseo, ricordò le vittime del nazismo come Massimiliano Kolbe, i preti e i catechisti perseguitati dai totalitarismi in America Latina tra cui Oscar Arnulfo Romero; le suore e i missionari vittime delle lotte fratricide in Africa; i cristiani ortodossi, vittime del comunismo e tanti altri.
In quella occasione Giovanni Paolo II disse:
La generazione a cui appartengo ha conosciuto l’orrore della guerra, i campi di concentramento, la persecuzione. […] L’esperienza della seconda guerra mondiale e degli anni successivi mi ha portato a considerare con grata attenzione l’esempio luminoso di quanti, dai primi anni del Novecento sino alla sua fine, hanno provato la persecuzione, la violenza, la morte, per la loro fede e per il loro comportamento ispirato alla verità di Cristo. E sono tanti! La loro memoria non deve andare perduta, anzi va recuperata in maniera documentata.
Tra il 1999 e il 2000 i locali adiacenti alla Chiesa di San Bartolomeo all’Isola hanno ospitato i lavori della Commissione Nuovi Martiri, che proprio su incarico di Giovanni Paolo II, ha ricostruito le storie dei cristiani che nel XX secolo che hanno mostrato fedeltà al Vangelo fino a donare la vita. Sono pervenute alla Commissione oltre 13000 storie di martirio, alcune delle quale sono state ricordate proprio in occasione della celebrazione al Colosseo in memoria dei testimoni della fede del XX secolo.
La ricchezza delle testimonianze pervenute ha fatto emergere quanto profondamente il Novecento sia stato segnato dalla testimonianza di martiri in ogni continente. Per far si che tale patrimonio non cadesse nell’oblio lo stesso papa Giovanni Paolo II volle che la Chiesa di San Bartolomeo all’isola divenisse luogo memoriale per i Nuovi Martiri del Novecento
